Im Januar 1962 war die Flugsportgruppe in der Messerschmitt-Betriebsportgemeinschaft aufgegangen. Damit waren die Segelflieger eine von insgesamt elf Sparten wie zum Beispiel auch Fußball, Kegeln oder Tischtennis.
Das war organisatorisch sicher nicht immer einfach, da der interne Spartenvorstand weiterhin bestehen blieb. Auch die Kameraden der EWR-Gruppe waren nun offiziell Betriebssportgruppenmitglieder, die beiden Fluggruppen blieben aber als organisatorische Einzelgruppen mit eigener Vorstandschaft und separater Abrechnung der Fluggebühren bestehen. Jede Gruppe hatte einen Doppelsitzer, benutze aber das gleiche Fluggelände und die gleiche Schleppwinde. Da die Messerschmitt AG die Gruppen weiterhin auch finanziell unterstützte, musste auch sehr genau darüber Rechenschaft abgelegt werden, wer welche Investitionen tätigte.
Im Jahr 1965 war dann ein großer Schritt Richtung Eigenständigkeit nötig. Die Firma Messerschmitt war auf der Suche nach einem gemeinnützigen Verein, der die Verantwortung für einen geplanten Flugtag übernehmen sollte, was sowohl aus steuerlichen als auch aus versicherungstechnischen Gründen von Vorteil war. Mit dieser Bitte trat die Werkleitung an die Fliegergruppe heran.
Somit wurde am 8. April 1965 die Sparte Segelflug der Betriebsportgemeinschaft aufgelöst und sechzehn Segelflieger gründeten die Messerschmitt Sportfluggruppe Manching e.V.
Die gesellschaftlichen Beziehungen zur Sportgemeinschaft blieben aber noch ein Jahrzehnt erhalten. Weiterhin zeigten sich die Segelflieger auch auf deren Versammlungen oder gemeinsamen Veranstaltungen. Bereits ein Jahr nach der Vereinsgründung gab es sogar wieder Stimmen, die für eine erneute Verschmelzung mit der Sportgemeinschaft laut wurden.
Aber die Segelflieger hatten Gefallen an ihrer wirtschaftlichen Unabhängigkeit gefunden. Sie konnten nun auch ihre Beiträge selbst verwalten und ihren Bedürfnissen entsprechend einsetzen. Ein letzter Versuch seitens der Sportgemeinschaft im Jahr 1975, die Segelflieger dazu zu bewegen, ihre Eigenständigkeit als eingetragener Verein aufzugeben, schlug fehl und die Flugsportgruppe löste endgültig alle alten Verbindungen mit der SG auf.